Plateforme technologique de Génomique (GenomIC) 

Equipe de: Franck Letourneur

La plateforme GenomIC est une plateforme technologique spécialisée dans l’analyse du génome et du transcriptome et dont l’objectif est d’apporter son expertise et son savoir-faire pour prendre en charge les projets des équipes de recherche de l’Institut Cochin dans le domaine de l’immunologie, de la cancérologie et de l’infectiologie. 

Nos travaux récents ont permis des avancées importantes sur :

1. les tumeurs de la glande surrénale et de l’endomètre à des fins diagnostiques et pronostiques,
2. l’impact des polluants environnementaux (plastique, polluants chimiques) sur les systèmes biologiques,
3. une nouvelle molécule anti-inflammatoire dans le traitement de la spondylarthrite 
4. la mise au point d’une biopsie virtuelle de la stéatose hépatique non alcoolique (NASH). 

Plateforme HistIM
(Histologie, Immunomarquage, Microdissection laser)

Equipe de: Maryline Favier

Notre plateforme est un service commun, dotée d'équipements de pointe, pour soutenir les équipes de recherche, dédiés au traitement de leurs échantillons provenant de tout domaine : cancérologie, maladies métaboliques, maladies infectieuses bactériennes ou virales.

Nous analysons, directement au sein des tissus biologiques, les modifications structurales et moléculaires et les réponses immunitaires de notre organisme qui surviennent face à des dérèglements hormonaux ou face aux agressions par des cellules tumorales, des virus, des bactéries dans l'objectif de mieux comprendre les mécanismes et imaginer des thérapies pour les patients.

Grâce à l'APEMM, la plateforme HistIM peut faire l'acquisition d'équipements innovants, participer à des formations indispensables à l’actualisation des connaissances et engager du personnel. La Plateforme reste ainsi performante et toujours à même d’apporter des solutions d'études et d'analyses permettant l’avancement des projets de recherche et de répondre aux besoins des patients.

Obésité : une véritable maladie chronique dévastatrice

Equipe de: Benoît CHASSAING

L’obésité a de graves conséquences pour l’organisme allant des maladies cardiovasculaires à certains cancers. Nos équipes étudient les mécanismes impliqués dans l’intrication des différents facteurs − alimentaires, génétiques épigénétiques et environnementaux − impliqués dans son développement et sa progression.

Diabète  : quand le système immunitaire s’en mêle

Equipe de: Agnès LEHUEN

Le système immunitaire a un rôle majeur dans le diabète de type I que l’on peut considérer comme une véritable maladie auto-immune et dans les phénomènes inflammatoires qui favorisent l’apparition et la progression du diabète de type II.
Nos équipes cherchent à comprendre comment ces dysfonctionnements sont à l’origine de la maladie pour mieux la prévenir et la traiter.

Pourquoi mangeons nous trop ?
« Une histoire d’hormones »

Equipe de: Ralf JOCKERS

Différentes hormones produites par l’organisme (comme la leptine) contrôlent la prise alimentaire en jouant sur la sensation de faim et de satiété. Comprendre leur fonctionnement est un enjeu majeur pour lutter en particulier contre l’obésité. Nos équipes travaillent sur la régulation de la production et le mode d’action de ces hormones afin d’élaborer des stratégies permettant d’en contrôler les effets.

Equipe « Pharmacologie fonctionnelle et physiopathologie des récepteurs membranaires» dirigée par Ralf Jockers

"Le GLP-1, une substance qui contrôle l'insuline et le poids corporel, agit en activant le récepteur GLP1R. Des médicaments comme le liraglutide (Saxenda®) et le sémaglutide (Ozempic®) qui activent ce récepteur sont utilisés pour aider les patients diabétiques de type 2 à contrôler le glucose et pour gérer le poids des adultes obèses ou en surpoids.

Une récente étude sur 60 mutations génétiques rares du GLP1R a révélé que certaines de ces mutations, en particulier celles qui empêchent l'expression de GLP1R à la surface des cellules, sont liées à des problèmes de contrôle du glucose et à un gain de poids. De manière intéressante, deux traitements médicamenteux ont réussi à restaurer la sécrétion d'insuline défectueuse chez ces mutants.

Cette recherche pourrait ouvrir de nouvelles options de traitement pour les personnes avec ces mutations GLP1R, ainsi que pour les patients obèses ou diabétiques qui ne répondent pas bien aux traitements actuels ou qui éprouvent des effets indésirables graves."

En savoir plus
Jockers R & Gao W. Impaired cell surface expression of GLP1R variants determines T2D and obesity risk in humans. Research Briefings 2023, Nat Metab 2023 Sep 14. 
doi: 10.1038/s42255-023-00888-7.

Les maladies infectieuses : SIDA, Paludisme, Covid-19, etc.

Avec la pandémie liée au COVID-19, les maladies infectieuses sont revenues au cœur des préoccupations des systèmes de santé des pays à forte ressource. Pourtant les infections ont, depuis toujours, été la première cause de mortalité infantile dans le monde et ce, malgré les progrès énormes obtenus avec la généralisation de la vaccination infantile.

Depuis de nombreuses années nous contribuons à soutenir les équipes engagées sur la recherche sur le SIDA, le Paludisme et plus récemment la Covid-19. Comme pour toutes les maladies infectieuses, la recherche de ces équipes a pour objectif de mieux appréhender les mécanismes de la maladie pour permettre ainsi de proposer des solutions adaptées pour le diagnostic, la thérapeutique et la prévention.

 

Promouvoir nos défenses immunitaires innées pour lutter contre les infections

Responsable de projet :
Florence NIEDERGANG étudie plus particulièrement ces phénomènes de phagocytose dans les macrophages lors d’infections bactériennes ou virales (VIH, rhinovirus humains, SARS-Cov2).
Véronique WITKO-SARSAT se consacre à l’étude des neutrophiles qui sont des phagocytes impliqués dans les phénomènes inflammatoires chroniques.

Nos équipes étudient les mécanismes impliqués dans la défense contre le les infections ainsi que le contrôle de l’inflammation. Nos cellules immunitaires innées constituent la première ligne de défense contre les infections.
Plusieurs équipes se consacrent à l’étude des phagocytes. Ces cellules sont douées de phagocytose, c’est-à-dire de la capacité à ingérer les bactéries pour les détruire; elles sont essentielles au maintien de notre santé.

 

Le SIDA: vers un vaccin

Comment réguler finement les porteurs d’alerte du système immunitaire pour qu’ils nous défendent contre le virus sans dommages collatéraux?
Les cellules dendritiques sont des phagocytes porteurs d’alertes sur les dangers de toutes sortes, et elles éduquent alors le système immunitaire (présentation de l’antigène) pour induire des réponses immédiates et mémoire adaptées, sans créer d’inflammation excessive: nos équipes cherchent à les réguler finement pour qu’elles défendent l’organisme contre le VIH et le SARS-CoV-2
Responsable de projet

• Anne HOSMALIN

Nos équipes cherchent à comprendre comment le virus du SIDA pénètre les muqueuses génitales et comment  l’immunité muqueuse contribue à la protection contre la transmission sexuelle de VIH. Ces connaissances nous permettent d’élaborer un vaccin prophylactique reproduisant cette immunité protectrice locale.
Responsable de projet

• Morgane BOMSEL

Equipe « Interaction microbiote/mucus dans les maladies inflammatoires chroniques » dirigée par Benoît Chassaing .

Benoît Chassaing, chercheur à l'Inserm, explore le monde fabuleux des "Invaders" du microbiote intestinal.
Benoît Chassaing dirige une équipe de recherche à l'Institut Cochin (Paris), dont le sujet d’études est l'étude des interactions entre le microbiote (ensemble des micro-organismes dans nos intestins) et le mucus dans les maladies inflammatoires chroniques. Son intérêt de recherche se concentre sur l’étude des bactéries intestinales impliquées dans les maladies inflammatoires et métaboliques.

Son objectif est d’analyser et de caractériser les milliards de bactéries présentes dans nos intestins - les identifier, comprendre leur fonctionnement, leurs interactions avec le reste du corps et leurs impacts sur la santé intestinale et métabolique. Ce voyage a commencé à Clermont-Ferrand, pendant son doctorat au cours duquel il a étudié certaines souches bactériennes liées à l'inflammation intestinale.

Après avoir travaillé aux États-Unis à l'Université de Georgia State University, il a approfondi ses connaissances sous la direction d'Andrew Gewirtz. Ses recherches ont principalement porté sur la régulation du microbiote intestinal, en examinant les facteurs génétiques et environnementaux qui influence sa composition et son interaction avec l'intestin.

Lors de ses travaux plus récents, Benoît Chassaing a découvert que la couche de mucus censée protéger notre intestin contre les bactéries intestinales peut parfois être colonisée par des bactéries qu'il a nommées "Invaders". Il a constaté que leur présence est associée au développement de maladies inflammatoires chroniques et de dérégulations métaboliques, chez les animaux mais aussi chez l’homme.

Ses recherches se concentrent sur l'étude approfondie de ces bactéries Invaders, de leur identification à la compréhension de leur rôle dans les maladies inflammatoires chroniques. Son équipe travaille également sur le développement de nouvelles approches thérapeutiques visant à prévenir la présence de ces bactéries néfastes.

En savoir plus
Akkermansia muciniphila counteracts the deleterious effects of dietary emulsifiers on microbiota and host metabolism. Noëmie Daniel, Andrew Gewirtz, Benoît Chassaing.  Gut, 16 janvier 2023 - DOI : 10.1136/gutjnl-2021-326835

Promouvoir nos défenses immunitaires pour lutter contre le  Cancer

En plus des recherches  sur les cellules cancéreuses, nos équipes étudient les cellules immunitaires de leur microenvironnement afin d’élucider les mécanismes de résistance à l’immunothérapie qui a récemment révolutionné le traitement de nombreux types de cancer.
Responsable de projet :

• Armelle PREVOST-BLONDEL étudie le rôle d’une enzyme dans le développement du mélanome cutané et évalue son rôle dans la résistance à l'immunothérapie. Elle cherche à comprendre comment cette enzyme inhibe la réponse immunitaire anti-tumorale.

Cancer: Du pronostic au traitement

Les équipes que nous soutenons visent à améliorer la prise en charge des patients au diagnostic et à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques
Responsable de projet : équipe de Jérôme BERTHERAT

• Guillaume ASSIE réalise une Carte d’Identité des cancers surrénaliens par séquençage à haut débit. Il recherche de nouvelles anomalies moléculaires somatiques dans les cancers endocrines sporadiques et de nouveaux gènes responsables de formes familiales de tumeurs surrénaliennes afin d’identifier des marqueurs pronostiques.

CANCER DU SEIN : DE LA DÉCOUVERTE D'UNE CIBLE THÉRAPEUTIQUE AU DÉVELOPPEMENT DE TRAITEMENTS INNOVANTS

Le groupe de Frédéric Pendino a identifié le gène RINF (Retinoid-Inducible Nuclear Factor, aussi appelé CXXC5) dont l'expression est particulièrement forte dans la plupart des tumeurs de mauvais pronostic, notamment celles du cancer du sein. RINF est un facteur épigénétique qui reprogramme les cellules cancéreuses et leur confère la résistance aux traitements chimiothérapeutiques conventionnels. Plusieurs découvertes pionnières de l'équipe sur ce gène (5 publications scientifiques et 5 brevets) ont récemment été confirmées par des équipes indépendantes qui ont démontré le rôle protumoral de RINF.

Pour améliorer la prise en charge thérapeutique des patients souffrant de cancer du sein, deux innovations complémentaires sont en cours sur ce projet:

1. Le développement d'un nouvel anticorps (test prédictif) qui pourrait, dès le diagnostic, orienter les cliniciens vers le meilleur traitement disponible.
2. Le développement d'un inhibiteur spécifique de RINF qui pourrait servir de base à la conception d'un nouveau traitement anticancéreux.

La protéine RINF se lie à l’ADN (hélice rose et bleue) grâce à son doigt de Zinc CXXC (beige).